生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染，可能是单纯疱疹病毒一型（HSV -1）或者二型（HSV -2）。大多数生殖器疱疹是由单纯疱疹二型病毒引起。很多人感染后并没有任何迹象或只有很少的症状，他们甚至不知道自己已经被感染。

最初的临床表现通常是围绕生殖器出现一个或多个水泡。然后这些水泡破裂、溃烂，变成边缘的溃疡（疮），一般在两个到四个星期，初期的溃疡会自动痊愈。接着第一次，又会出现另一波数周或数月的溃疡，但它一般没有第一次的严重，持续时间也往往较短。病毒的感染会一直留在人体内，只是溃疡的爆发会逐年递减。

单纯疱疹二型病毒在女性群体中的感染率（大约1/4）高于男性（大约1/8）。这可能是由于男性传染给女性比女性传染给男性的发生率更大。

病毒引起溃疡，在其中可以找到单纯疱疹一型和二型病毒，但是这两种病毒也可能从溃疡之间的正常皮肤中间歇性的释放。一般来说，单纯疱疹二型病毒会通过性接触进行传播，传播者可能并没有明显的疼痛感或者不知道自己被感染了。

单纯疱疹一型病毒能引起生殖器疱疹，但是它更容易引起嘴巴和嘴唇的感染，即所谓的“唇疱疹”。口交或者和感染了单纯疱疹一型病毒的人性交，都会引起生殖器一型病毒感染。生殖器单纯疱疹一型病毒引发的溃疡通常要轻于二型病毒引发的溃疡。

正确并持续的使用避孕套，可以降低感染的风险，防止病毒传播，但是不能彻底排除感染的可能性，因为性交过程中的分泌物同样可能导致病毒传播。

单纯疱疹病毒感染可以通过做生殖器破损抹片检测来确诊。有许多可用的抗病毒治疗药物，或是做急性以及抑制治疗（预防性治疗）。具体方案需要和医生讨论。